Die Jodokuskirche wurde am 18.7.1511 geweiht, doch liegen ihre Ursprünge weiter zurück. Auf dem Jostberg (Jost = Jodokus), einer Anhöhe zwischen Brackwede und Quelle, unterhielten die Franziskaner schon vorher ein Kloster und Hospiz mit einer dem hl. Jodokus geweihten Wallfahrtskirche. Wegen der unwirtlichen Gegend und auch, weil ihre eigentliche Aufgabe die Seelsorge für die Stadtbevölkerung war, verlegten die Brüder Kloster und Kirche in die Stadt, an den heutigen Klosterplatz.

Auch in der Zeit der Glaubensspaltung und der Säkularisation blieb das Kloster der katholischen Kirche erhalten. Die Franziskaner übernahmen die Seelsorge für die Katholiken im zumeist evangelisch gewordenen Ravensberger Land. 1829 wurde das Kloster durch eine preußische Kabinettsorder aufgehoben. Die Kirche wird seitdem von Weltpriestern betreut.

Bei der Verlegung des Klosters in die Stadt wurde als Kirchenpatron St. Jodokus beibehalten. Jodokus lebte im 7. Jahrhundert. Er verzichtete auf die bretonische Fürstenkrone, um ein Leben als Pilger und Einsiedler zu führen. Schließlich gründete er ein Kloster. Er wird als Patron der Pilger und Reisenden verehrt. Sein Schrein befindet sich in St. Josse-sur-mer in der Diözese Arras. Schon mehrmals führten Pilgerfahrten der Jodokusgemeinde dorthin.